Genomisessa eläinmallissa käytetään sekä genotyypitettyjen että genotyypittämättömien eläinten tietoja

Genotyypitettyjen eläinten lukumäärä on noussut nopeasti ja yhä enemmän genotyypitetään myös
lehmiä. Tämä luo genomisille arvosteluille laskennallisia haasteita. Lähitulevaisuudessa on siirryttävä
genomisen eläinmallin (ssGBLUP) käyttöön, jotta arvostelujen harhattomuus voidaan taata. Yksi
kysymys genomiarvostelujen laskennassa on nuorten ja karsittujen eläinten genotyyppien käyttö. Tavallisessa
eläinmalli BLUP:ssa eläin, jolla ei ole omaa havaintoa tai jälkeläisiä ei tuo arvosteluun informaatiota
ja voidaan siten jättää pois arvostelusta. Teoriassa genotyypitetty nuori kandidaattieläin tai
karsittu eläin voi tuoda informaatiota genomiseen eläinmalliin ja vaikuttaa näin muiden eläinten genomisiin
jalostusarvoihin (GEBV). Tätä testattiin käyttämällä koelypsyaineistoa ja genomista koelypsymallia.
Tässä jalostusarvot lasketaan samanlaisella eläinmalli BLUP menettelyllä kuin aikaisemminkin,
mutta nyt genotyypitettyjen eläinten sukulaisuudet perustuvat genotyyppitietoihin ja muiden
eläinten sukulaisuudet sukupuutietoihin ja genotyypitettyjen sukulaisten genomisiin sukulaisuuksiin.
Arvostelussa käytetään suoraan alkuperäisiä havaintoja ja ne laskettiin MiX99-ohjelmalla.
Arvosteluissa käytettiin eri määrä genomi-informaatiota joko jättämällä pois karsittujen sonnipoikien
genotyypit tai ottamalla ne mukaan. Tulokset osoittivat, että karsittujen genotyypitettyjen sonnipoikien
poisjättäminen ei aiheuttanut muutoksia referenssieläinten arvosteluihin. Sen sijaan niiden mukaan
ottaminen saattaa vaikuttaa nuorien kandidaattisonnien arvosteluihin siten, että kandidaattisonnit saavat
liian korkeat GEBV:t. Näyttäisi siis olevan turvallisempaa jättää karsitut eläimet pois genomisista
arvosteluista.