Pohjoismaisten_punaisten_rotujen_hedelmällisyysarvostelu_genomisella_eläinmallilla

Pohjoismaista lypsykarjan hedelmällisyysominaisuuksien jalostusarvostelua ollaan päivittämässä. Koska yhä useammasta eläimestä on genominen tieto, uutta mallia halutaan testata myös niin että genominen tieto on yhdistettynä arvosteluihin. Yleinen menetelmä genomisen ja perinteisen tiedon yhdistämiseen on ns. genominen eläinmalli eli single-step –menetelmä. Menetelmässä voidaan käyttää suoraan samoja havaintoja kuin perinteisessä arvostelussakin, mutta eläinten sukulaisuudet perustuvat sekä genotyyppi- että sukupuutietoihin. Tässä tutkimuksessa hedelmällisyyden genominen eläinarvostelu toteutettiin pohjoismaiselle punaiselle lypsyrodulle. Arvostelussa käytetyt mallin tekijät ja varianssiparametrit olivat samat kuin perinteisellä eläinmallilla. Malli sisälsi yksitoista toisistaan riippuvaa ominaisuutta. Eri lypsykausien havainnot käsiteltiin eri ominaisuuksina. Uusimattomuusprosentti ja aika ensimmäisestä siemennyksestä viimeiseen siemennykseen määriteltiin sekä hiehoille että kaikille kolmelle ensimmäiselle lypsykaudelle erikseen. Aika poikimisesta ensimmäiseen siemennykseen mitataan vain lehmiltä. Kaikilla ominaisuuksilla oli matala periytymisaste (0,01-0,04) ja lehmien ominaisuuksien välillä oli korkeat geneettiset korrelaatiot (0,60-0,88 lypsykausien välillä). Aineisto sisälsi havaintoja neljältä miljoonalta eläimeltä ja sukupuutiedot olivat yli viidelle miljoonalle eläimelle. Arvostelussa mukana olevista eläimistä genomitieto oli saatavilla 23520 eläimeltä. Genominen eläinmalliarvostelu, samoin kuin alkuperäinen perinteinen eläinmalliarvostelukin, tehtiin MiX99-ohjelmalla. Genominen eläinmalliarvostelu osoittautui hitaasti suppenevaksi. Tulosten ratkaisemiseen tarvittiin 7 päivää ja 29063 iteraatiota, kun perinteisen eläinmalliarvostelun tulokset ratkesivat viiden tunnin ja 3052 iteraation jälkeen. Genomisessa eläinmallissa kahdesta eri lähteestä olevien tietojen yhteensopivuus eläinten geneettisen samankaltaisuuden määrittämisessä on tärkeää. Siksi genomista arvostelua muutettiin niin, että geneettiset ryhmät otettiin huomioon sekä sukupuuhun että genotyyppitietoihin perustuvassa informaatiossa. Tämän jälkeen ratkaisut saatiin kolmentoista tunnin ja 2453 iteraation jälkeen. Genomisen ja perinteisen arvostelun geneettiset trendit seurasivat hyvin toisiaan ja syntymävuosittain lasketut jalostusarvojen korrelaatiot olivat pääasiassa yli 0,97. Ensimmäiset ajot hedelmällisyysominaisuuksien genomiselle arvostelulle osoittivat, että siirtyminen eläinmallista täyteen genomiseen eläinmalliin on toteutettavissa